O joncţiune:
SELECT C.IDCod ,
    CASE WHEN S.IDCod IS NULL THEN 'NU se afla in stoc sau stocul este insuficient  in depozitul'
    ELSE 'se afla in stoc in depozitul'
    END AS Stare,
    C.IDDepozit
FROM Comanda AS C LEFT JOIN Stoc S ON C.IDDepozit = S.IDDepozit AND C.IDCod = S.IDCod AND C.QTY <= S.CantitateStoc
WHERE C.IDComanda = 1

Daca doresti sa obtii doar produsele aflate in stoc atunci folosesti INNER JOIN.