Nu sunt sigura ca ti se trage de la trecerea la SQL 2005.
Vezi ce procese se blocheaza reciproc - cel mai simplu este sa te uiti in "activity monitor" - si de aici ce portiuni de cod au probleme. Poate te ajuta si:
http://www.mssqltips.com/tip.asp?tip=1359
http://www.mssqltips.com/tip.asp?tip=1036