O soluţie inspirată de MSDN ar fi:
[1] creezi o tabela Parametru cu un singur câmp ID care este şi cheie primară. Aici inserezi ID-uri în funcţie care care se va realiza filtrare
[2] în tabela CompanyRelation se adaugă un câmp Replicate de tip bit
[3] în Publication se adaugă la "Filter Rows" condiţia Replicate = 1
[4] în job-ul tip REPL-merge  adaugi  o etapă (step) tip "T-SQL Script" înainte de etapa "Run Agent"

[5] inserezi codurile în funcţie de care se doreşte filtrarea la "Merge Replication" şi lansezi sincronizarea

Tehnica se poate aplica cu mici variaţiuni şi pe tabela Company.