[1] Aplicaţia care ruleaza pe Pocket PC modifică datele din Company şi CompanyRelations în sensul că modifică/şterge înregistrările copiate de la Publisher ?
Dacă nu, atunci poţi încerca să implementezi o procedură stocată care să realizeze sincronizare. În plus va fi (mai mult ca sigur) mai rapidă decât ce ofera SQL Server.

/

[2] Cum ai definit filtrul "... filtrul trebuie pus pe Compania cu ID = 1, se adauga automat in filtru si compania cu ID = 3 ..." ?
Filtrul e definit pe Company sau/şi pe CompanyRelation ?