Este posibil sa ai necazuri si pentru ca SQL-ul si aplicatia "impart" aceeasi masina. Vezi in "task manager" daca nu cumva procesul w3wp.exe "lasa" sqlservr.exe fara resurse (sorteaza procesele dupa MemUsage). Eu am scapat de asemenea probleme (---> SQL ramas cam fara resurse dadea  "time out" sau paginile web se incarcau foarte incet) punand aplicatiile .NET si bazele de date pe servere diferite. Mai ruleaza si alte aplicatii pe serverul tau?