Încearcă cu cscript în loc de wscript (ideea e că ceea ce rulezi cu xp_cmdshell trebuie să nu fie deloc interactiv, pentru că dacă afişează vreun dialog/msgbox/etc, se afişează pe un ecran ascuns, unde nu poţi să-i dai click-uri).

În al doilea rând, vezi în SQL Service Configuration Manager sub ce account rulează serviciul MSSQLServer. Dacă e LocalSystem, atunci nu are cum să acceseze reţeaua. Pune-l pe NetworkService sau mai bine pe un user account separat.

Din alt punct de vedere, într-un Package SSIS poţi să pui un task de tipul FTP şi să rulezi din job-ul tău acel package.

Răzvan